Response required

Blogs and online comments can provide valuable feedback on newly published research. Scientists need to adjust their mindsets to embrace and respond to these new forums for debate.

You may have seen claims that scientists at NASA have discovered a bacterium that can replace the phosphorus in its DNA with arsenic. You may have heard that this could help the hunt for aliens. You may even have heard that the 'arsenic bacterium' is itself an alien. What you will not have seen or heard is a detailed response from NASA and the scientists involved to online criticism of their work. In the face of worldwide attention on their paper (F. Wolfe-Simon et al. Science doi:10.1126/science.1197258; 2010), which NASA and the team deliberately courted, the researchers have stuck their heads in the digital sand.

In response to the arsenic bacterium claims, bloggers and researchers raised serious and thoughtful reservations about the paper's methodology and findings. But the authors say that they will not engage with these critics, or with science journalists drawn to the controversy, because such discussion should be moderated in the peer-reviewed literature. Meanwhile, they are urging other scientists to work to replicate their results — a process that will take many months. “We are not going to engage in this sort of discussion,” Felisa Wolfe-Simon, the paper's lead author and a NASA astrobiology research fellow at the US Geological Survey in Menlo Park, California, told one Nature reporter, “Any discourse will have to be peer-reviewed in the same manner as our paper was, and go through a vetting process so that all discussion is properly moderated.”

Purists who hold peer review as the casting vote in such debates will read her words with approval. But the problem is that Wolfe-Simon's reticence is the polar opposite of the fanfare with which NASA trailed her discovery to the public. In an advance press advisory on 29 November, NASA trumpeted an “astrobiology finding that will impact the search for evidence of extraterrestrial life”. At a press conference to coincide with the paper's publication, the authors reported a more down-to-Earth, but nonetheless radical, discovery, claiming that an arsenic-tolerant bacterium had rewritten the rules of life as we know them.

Such claims were always likely to bring intensive scrutiny, especially as many scientists think that NASA has form for making extravagant claims in the field of astrobiology. Within two days of the paper appearing, Rosie Redfield, a microbial geneticist at the University of British Columbia in Vancouver, Canada, published a long and detailed critique of what she described as the paper's methodological shortcoming on her blog (http://go.nature.com/ddesjw). She was one of several researchers who used their blogs to question whether the paper's data supported its claims. It was at this point that the authors, previously happy to promote their findings, refused to answer further questions and retreated behind the walls of peer review.

Formal peer review does give criticized authors time to think critically and carefully, and it is a good way to filter out rubbish. But in this case, much of the criticism was already coming from the researchers' peers. And it should be remembered that peer review as conducted by journals is itself full of differing opinions, and is not the only way to crystallize truth from such disputes. In this instance, a prompt and explicitly provisional response from the authors would have been a better approach, particularly given the way they encouraged the original attention.

Nature strongly encourages post-publication discussion on blogs and online commenting facilities as a complement to — but not a substitute for — conventional peer review. Yet it is true that so far online commenting and blogs have generally contributed little. Of the thousands of papers published every year, only a few attract substantive comments. And, regrettably, it seems that even those meagre comments rarely spark debate: a study of medical articles in the BMJ last August found that few authors bothered to respond to online criticisms of their papers (P. C. Gøtzsche et al. Br. Med. J. 341, c3926; 2010).

Bloggers and online commentators have an important part to play in the assessment of research findings, and many researchers' blogs, in particular, contain better analyses of the true significance of a scientific finding or debate than is seen in much of the mainstream media. Science journalists who repeated NASA's claims on the arsenic bacterium and did not tap into the widespread criticisms, did little to defend themselves from claims of reporting by press release. Blogging scientists, meanwhile, should remember that such informal forums do not excuse insults and casual discourtesy towards colleagues — especially those being urged to respond.

In the end, the scientific truth will prevail, as it usually does. In the meantime, researchers must accept some harsh truths about the speed and spread of digital criticism.

Source
http://www.nature.com/nature/journal/v468/n7326/full/468867a.html

Se requiere una respuesta

Los blogs y comentarios online pueden constituir un interesante intercambio acerca de las nuevas investigaciones publicadas. Los científicos necesitan ajustar su estructura mental para adherirse y responder a estos nuevos foros de debate

Usted puede haberse enterado que los científicos de la NASA dicen haber descubierto una bacteria capaz de reemplazar el fósforo por el arsénico en su ADN. Usted puede haber oído que esto podría ayudar en la caza de extraterrestres. Usted puede incluso haber oido que la “bacteria arsénica” es una extraterrestre en sí misma. Lo que usted no va a ver u oir es una respuesta detallada de la NASA y los científicos involucrados, a las críticas de su trabajo. Enfrentados con la atención mundial que trajo su artículo ( F. Wolfe-Simon et al. Science doi:10.1126/science.1197258; 2010), el cual contó con el apoyo deliberado de la NASA y el equipo, los investigadores han metido sus cabezas en las arenas digitales.

Neurobiología: desarrollo y funcionamiento de las neuronas

La Dra. Silvana Rosso desde la Facultad de Cs. Bioquímicas y Farmacéuticas, desarrolla las primeras investigaciones en Rosario sobre la disciplina. 

El Programa de Recursos Humanos (PRH) no sólo significó la repatriación de los científicos argentinos que se encontraban trabajando en el extranjero, sino que también les permitió a aquellos que ya estaban de regreso en nuestro país la posibilidad de ser “relocalizados” dentro del espectro de las universidades nacionales. Silvana Rosso es Dra. en Ciencias Farmacéuticas recibida en la UNR y en el momento de postularse para el PRH se encontraba trabajando en un Instituto del Conicet de la Universidad Nacional de Córdoba (UNC) .Allí había realizado su primer postdoctorado en Cs. Biológicas antes de partir hacia Londres, donde continuó su especialización en Neurobiología del Desarrollo, una subdisciplina de la Neurociencia que estudia los mecanismos que regulan la formación del sistema nervioso en estadíos tempranos. Su paso por Londres se prolongó durante cuatro años, los dos últimos formando parte del Departamento de Anatomía y Biología del Desarrollo en la University College of London (UCL).

“Es importante poder ver a la Argentina desde lejos y redescubrir nuestro potencial y nivel: ver cómo trabajan en otras partes del mundo, qué temas abordan y qué metodologías utilizan. Pero mi experiencia fue más fuerte en lo personal que en lo académico, uno abre la cabeza de manera extraordinaria”, cuenta la investigadora. “Allá la mayor parte del recurso humano proviene de Argentina, al menos donde estuve yo. En su búsqueda priorizan a los argentinos porque nosotros tenemos una cinética de trabajo increíble, no bajamos los brazos y nos interesamos más por los objetivos y resultados que por el tiempo invertido”, afirma Silvana que en Londres formó parte de un equipo de trabajo de 12 integrantes en donde sólo 3 eran europeos y el resto de países Latinoamericanos, como Argentina, Chile y Brasil. 

Su experiencia sin duda desmitifica el imaginario que desvaloriza el nivel de trabajo de nuestro país postulando que afuera todo es mejor. El factor económico es el común denominador a la hora de las comparaciones. Para Silvana, si bien “nuestro país alcanza los niveles internacionales no cuenta con la financiación necesaria y además todo se maneja a precio dólar: las drogas, el equipamiento, el mantenimiento de los equipos; mientras que los subsidios son en pesos". Además considera que si esta situación pudiera mejorar "todo iría bien porque los argentinos tenemos la capacidad, somos personas que luchamos”.

Silvana regresó al país en el año 2006 reincorporándose a la UNC a través de las Becas Postdoctorales de Reinserción que otorga el Conicet a científicos que se encuentran en el extranjero. Tres años después el PRH le posibilitó retornar a la Universidad Nacional de Rosario en el Laboratorio de Toxicología Experimental de la Facultad de Cs. Bioquímicas y Farmacéuticas . “Quería volver fundamentalmente porque es mi ciudad, pero también quería empezar a desarrollar una línea de investigación que no existía en Rosario hasta ese momento: la Neurociencia, lo cual era todo un desafío porque se trataba de empezar de cero”, cuenta la investigadora.

Dentro de la Neurociencia, su especialidad es la Neurobiología del desarrollo que se basa en describir los mecanismos básicos que regulan el desarrollo y el funcionamiento de las neuronas, las células esenciales que forman el sistema nervioso. Su actual proyecto de investigación se centra en el rol de una familia de factores de crecimiento denominada Wnt y sus vías de señalización durante el desarrollo y la maduración neuronal. "Esto es sólo una ramita de algo que es enorme, y es también a nivel mundial: todos aportamos un granito de arena para llegar al conocimiento”, sostiene Silvana. Paralelamente, junto a su equipo de trabajo lleva adelante un estudio sobre los efectos tóxicos de los herbicidas, principalmente el glifosato, en el desarrollo y la función del sistema nervioso.

El proyecto, que recibió en 2009 un subsidio por parte de la Secretaría de Ciencia, Tecnología e Innovación de la provinicia de Santa Fe, será además una gran contribución para la región, ya que hasta el momento no existían estudios sobre los efectos de este herbicida en el sistema nervioso. A la hora de realizar un balance sobre el PRH, Silvana reconoce que ha tenido bastantes fallas: "Se prometió mucho y creo que todo se va cumplir a muy largo plazo, pero los tiempos en la investigación son otros. En dos años no se ha podido avanzar demasiado porque los laboratorios aún no están y las evaluaciones de los proyectos PICT se fueron retrasando con lo cual, por el momento, tampoco contamos con los subsidios". Sin embargo, más alla de este defasaje que implicó demoras en las investigaciones los científicos continúan trabajando sin dejar de reconocer la importancia del programa tanto para ellos como para el desarrollo científico del país.

Fuente

www.unr.edu.ar

Encuentro científico entre autoridades e investigadores rosarinos y alemanes

El encuentro se llevará a cabo entre los dias 17 y 19 de Diciembre y en su primer dia de actividades la delegación alemana visitará el Instituto de Biología Celular y Molecular de Rosario y se reunirá con autoridades de la Universidad Nacional de Rosario y del gobierno de la provincia de Santa Fe.


La actividad es una iniciativa conjunta de los gobiernos de la provincia de Santa Fe y de Baja Sajonia, y de las Universidades Nacionales de Rosario y Georg-August de Göttingen, en asociación con el Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR) y el Instituto Max Planck de Biofísica-Química de Göttingen, con la finalidad de promover el desarrollo de programas binacionales entre los centros universitarios y de investigación científica de ambas regiones.

El encuentro se llevará a cabo entre los dias 17 y 19 de Diciembre y en su primer dia de actividades la delegación alemana visitará el IBR y se reunirá con representantes de la Universidad Nacional de Rosario y del gobierno de la provincia de Santa Fe.

Según nos comentaba el Dr. Claudio Fernández, motor principal detrás de la organización del evento, "Rosario, a través de su actividad científica en todo su contexto (organizacion de eventos, publicaciones, etc) ha logrado imponerse como el polo cientifico de mayor crecimiento regional en la Argentina y despertado el interés de Alemania para establecer una colaboración estable en el tiempo, a nivel universitario y científico".

El Sábado 18 se desarrollará el taller bilateral “De la biología molecular y estructural a la terapia de la enfermedad” con charlas de investigadores alemanes y rosarinos y que culminará con una cena. Esta actividad requirió de inscripción previa y se cubrieron la totalidad de los lugares disponibles.

Finalmente, el Domingo 19 se llevará a cabo una mesa redonda, solo para representantes oficiales, la cual será moderada por los doctores Claudio Fernández y Christian Griesinger y estará orientada a sentar las bases para acuerdos de cooperación binacional. Las actividades de este día, así como el evento científico, cerraran con un almuerzo.

Las sesiones del dia 18 se desarrollarán en el Palacio de Gobierno de la Provincia de Santa Fe en la ciudad de Rosario (Santa Fe 1950) mientras que las del día 19 tendrán lugar en la sede del Rectorado de la Universidad Nacional de Rosario (Córdoba 1814).

"De consolidarse estas actividades en un proyecto podemos pensar en tener una carrera de maestria y/o doctorado mixta, con doble titulación, y más a futuro un centro o plataforma tecnológica que sea brazo de la Sociedad Max Planck y de la Universidad de Göettingen, y en donde la Universidad de Rosario seria el socio ideal junto al IBR", finaliza diciendo Fernández. "Eso permitiría consolidar en un marco oficial los esfuerzos personales como el mío y el establecimiento de un centro académico y científico de prestigio internacional donde los jóvenes pudieran formarse, pero a la vez reintegrarse luego de una capacitación en el exterior."

Claudio Fernández y su pasión por el guardapolvo

 

Por Claudio Pairoba

 

Claudio Fernández, investigador del Instituto de Biología Celular y Molecular de Rosario y del Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (IBR-CONICET), dió una charla el Jueves 25 de Noviembre que formó parte del evento “Rosarinos que hacen”, organizado por la empresa Dattatec.

Durante su charla, el Dr. Fernández comentó su experiencia laboral de varios años en el exterior (Alemania, Italia, EE.UU.) desarrollándose en el área de estructura de proteínas. Gran parte de su estadía fuera de la Argentina la ocupó su trabajo en el Instituto Max Planck de Biofísica y Química de Göttingen , Alemania, ciudad que tiene la particularidad de tener 1 Premio Nobel cada 1000 habitantes. Hay que recalcar que Fernández sigue conectado con el Max Planck, ya que dicho instituto otorgó al laboratorio del investigador la categoría de grupo asociado. Durante su estadía en Alemania, Fernández se enfocó en el estudio de moléculas asociadas a procesos patológicos a nivel cerebral.

Heavy fire on Science paper

The following has been extracted from "The Guardian"´s website today.

12.42pm: David Dobbs, blogging at Wired Science, reacts to the backlash from sceptical scientists:

"If the paper is as weak as these critiques hold, Nasa appears to have been not just overzealous but reckless — and Science not only went along for the ride, cheering wildly, but put all the gas in the car."

He also points the finger at the research embargo setup as it stands:
"Here's the problem: When a paper is still under embargo and we journalists call an outside expert to get comment on it, the expert has often not actually seen the paper yet, since, well, it's under embargo. If time allows (often not, since one usually has only a few days and everyone is busy) then you can send the expert(s) the paper, and they can read the paper and get back. But as the experts usually lack time to compare impressions with peers, few will go out on a limb and really lay into a paper under those circumstances. You usually get either "This looks interesting, with a few caveats I'd like to note" or "I'd rather not comment."

You'll rarely get an outright dismissal. They lack the time and probably the taste for the trouble it'll make."

He neatly sums up Nasa's media-baiting press release and the subsequent disappointment of science writers and journalists:
"We thought we were getting cupcakes. Some of us wanted cupcakes. Who doesn't want cupcakes? Now everybody's got humble pie in front of them, quite a bit to eat yet, and no dessert on the menu."

Monday 12.08pm: Lots of stern criticism of the research and Nasa's PR over the weekend. Microbiologist Rosie Redfield at the University of British Columbia, Vancouver, says the paper in Science, "doesn't present any convincing evidence that arsenic has been incorporated into DNA (or any other biological molecule)". Blogging at RRResearch, Redfield analyses the methodology of the research in detail. Her conclusion?

"Bottom line: Lots of flim-flam, but very little reliable information. The mass spec measurements may be very well done (I lack expertise here), but their value is severely compromised by the poor quality of the inputs. If this data was presented by a PhD student at their committee meeting, I'd send them back to the bench to do more cleanup and controls."

People commenting on the post have encourage Redfield to submit her analysis to Science for publication as a letter, which she says she will do.
There appears to be a lot of support for Redfield's view. Under the headline "Alien biology hype" on his blog, palaeoanthropologist John Hawks at the University of Wisconsin-Madison focuses on the lack of controls in the research.

"I'm no microbiologist, but I read the paper carefully because it seemed to be such an interesting result if true. And the paper simply does not include the controls to show that arsenate has been taken up as part of the DNA. All the other claims in the press accounts of the discovery – for example, the idea that the organisms could substitute arsenate for phosphate in ATP – were complete fiction."

Source:
http://www.guardian.co.uk/science/2010/dec/02/nasa-life-form-bacteria-arsenic?CMP=twt_gu

¿Hay gato encerrado con la bacteria del Lago Mono?

Por Claudio Pairoba


La Geomicrobióloga Felisa Wolfe-Simon, una de las autoras del cuestionado paper, toma muestras del sedimento en el Lago Mono.



Luego del sorprendente hallazgo dado a conocer por un grupo de investigadores referente a la bacteria que consume arsénico, han aparecido una serie de críticas a dicho trabajo y a la forma en que la NASA manejó la información.

Hoy Lunes 6 de Diciembre la microbióloga Rosie Redfield de la Universidad de British Columbia en Vancouver, expresó que el trabajo publicado en la revista Science “no presenta ninguna evidencia convincente de que el arsénico haya sido incorporado en el ADN (o en cualquier otra molécula biológica)”. En un detallado análisis del trabajo publicado en Science, la investigadora expresa “No sé si los autores son malos científicos o si estan respaldando de forma inescrupulosa la idea de la NASA de que “Hay vida en el espacio exterior!”.

La científica concluye que “en resúmen: montones de cosas sin sentido pero muy poca información confiable. Las medidas del espectrógrafo de masa pueden estar muy bien hechas (no soy una experta en este tema), pero su valor está severamente comprometido por la pobre calidad de los datos de entrada. Si un estudiante de doctorado me trajera estos datos en su reunión del comité de seguimiento, lo enviaría de vuelta a la mesada para que obtuviera mejores datos y controles”.
Muchos están diciéndole a la Dra. Redfield que envíe una carta con sus críticas a la revista Science, algo que ella considera llevar adelante.

El periodista David Dobbs de Wired Science por su parte está preocupado porque pareciera que en vez de haber encontrado una bacteria, les han metido un perro. Dobbs expresó que “si el paper es tan débil como dicen las críticas, la NASA no solo parece haber estado fanatizada sino totalmente descuidada – y Science no solo se unió al paseo, vitoreando alegremente, sino que le llenó el tanque al auto”. Dobbs agrega que la Nasa armó todo como si fuera a ser un gran festín y lo que terminaron ofreciendo fue un sencillo almuerzo sin postre.

El paleoantropólogo John Hawks de la Universidad de Wisconsin-Madison publicó en su blog un comentario titulado ¨El entusiasmo con la biología extraterrestre” en el cual se enfoca en la falta de controles de la investigación en cuestión. Hawks arranca diciendo “Hay una diferencia entre los controles que se hacen para comprobar una hipótesis de manera genuina y aquellos que se hacen cuando uno solo quiere comprobar que la hipótesis es verdadera. Los autores han hecho algo de lo último pero no de lo primero”. Comentario lapidario si los hay.
Continúa agregando “No soy microbiólogo, pero leí el paper con cuidado porque, de ser verdad, parecía ser un resultado tan interesante. Y el artículo sencillamente no incluye los controles para mostrar que el arsenato ha sido incorporado como parte del ADN. Todas las otras conclusiones publicadas en la prensa – por ejemplo, la idea de que estos organismos podrían sustituir arseniato por fosfato en la molécula de ATP – fueron una ficción total”.

El trabajo explotó en los medios de comunicación el Jueves 2 de Diciembre. Cuatro días después, arrecian las críticas sobre la forma en que los experimentos se llevaron adelante.